Der Ort wurde zum erstenmal schriftlich erwähnt im sogenannten "Breviarium Sancti Lulli" unter dem Namen „Waltunniu“. Das war spätestens im Jahre 786 n.Chr.. Sanct Lullus war ein Zeitgenosse des Missionars der Deutschen, St. Bonifatius. Das „Breviarium“ ist ein Verzeichnis der Orte, die zu dieser Zeit zum Kloster Hersfeld gehörten. Das Dorf ist sicherlich älter. Es fanden sich bei Grabungen hier in der Gemarkung Siedlungsfunde auch aus der Steinzeit. Die ältesten stammen aus der sogenannten Bandkeramischen Kultur (ca. 4500 v.Chr). Die Bodenfunde lassen darauf schließen, dass das Dorf ungefähr seit dem 1. Jahrtausend vor Chr. kontinuierlich besiedelt war. Seit dem Mittelalter änderte sich der Name, der vermutlich aus dem althochdeutschen Begriff für „Wald“ abzuleiten ist, über „Welda“ und „Welden“ (so noch vor ca. 200 Jahren) in seine heutige Form.
Während des Dreissigjährigen Krieges, im Jahr 1640, wurde Wellen durch kaiserliche Truppen, die in Fritzlar lagerten, fast vollständig nieder gebrannt, die Einwohner verjagt und ein Teil von ihnen getötet. Aber bereits ein Jahr danach, begannen die übrig gebliebenen Wellener zusammen mit einigen neu Hinzugekommenen den Ort wieder aufzubauen.